その昔、聖徳太子によって創建された乾坤（しんぎん）山・降魔寺という寺がありました。
その寺では、黄金の薬師如来を守護仏としていました。
仁明天皇の時代、慈覚大師がこの地においでになり、「これは小さな仏さまであるから」と、今の薬師如来をお造りになり、その胸にその黄金の小さな仏を作りこめられた、と伝えられています。
それ以来、時がたつにつれ、降魔寺はことごとく退廃。この薬師如来のみ転々と各所に祀られていました。
時は移り、浅野長直公が赤穂城を築城される時代に、城守本尊として大高山長安寺に祀られることとなりました。
そして、ご縁により普門寺に。
長らく薬師堂に安置、普門殿再建（平成14年）の後は、普門殿に安置され、「お薬師さん」として今でも厚く市民の信仰を集めています。
毎月8日は、薬師如来のご縁日です。（法要は13時30分から）